Los trabajos de la Convención se desarrollarán en tres fases :

Una fase de escucha: determinación de las expectativas y las necesidades de los Estados miembros, de sus gobiernos y de sus parlamentos, así como de la sociedad europea.

Una fase de reflexión: comparación de las distintas opiniones expresadas y ponderación de su alcance y de sus consecuencias.

Una fase de formulación de propuestas: síntesis y elaboración de propuestas.

Al término de la Convención, se presentarán propuestas al Consejo Europeo.

La Convención se reúne una o dos veces al mes, en Bruselas, en el edificio del Parlamento Europeo.
Si bien se abordan cuestiones diversas, cada sesión se centra fundamentalmente en uno o dos temas principales.
Las sesiones plenarias, de carácter público, tienen una duración de dos medias jornadas.

En junio de 2002, con el fin de profundizar en ciertos temas, se crearon grupos de trabajo compuestos por miembros de la Convención.
Según avancen los trabajos de la Convención, se podrán crear nuevos grupos de trabajo.

Al margen de las sesiones plenarias y de los grupos de trabajo, los miembros de la Convención pueden presentar sus puntos de vista y sus ideas mediante contribuciones escritas, que se distribuyen a todos sus colegas.
Dichas contribuciones se publican en este sitio.

Para ampliar el debate, se ha creado un foro abierto a las organizaciones que representan a la sociedad civil (interlocutores sociales, medios económicos, organizaciones no gubernamentales, círculos académicos, etc.).
Las organizaciones que participan en el Foro reciben regularmente información acerca de los trabajos de la Convención. Sus contribuciones se incorporan al debate. Dichas organizaciones pueden ser oídas o consultadas sobre asuntos concretos, en la forma que determina el Praesidium.
La sesión plenaria de la Convención Europea de los días 24 y 25 de junio de 2002 se dedicó a la sociedad civil. Diversas asociaciones y organizaciones tuvieron la oportunidad de expresar y presentar en dicha sesión sus puntos de vista ante los miembros de la Convención.